从SARS到禽流感，从口蹄疫再到甲型H1N1流感，每一次疫情的爆发都给我国城市居民带来了巨大恐慌与生命威胁，防范突发公共卫生事件、传染病、流行病疫情已成为政府应急工作不可忽视的严肃任务。2004年起，为贯彻落实党中央和国务院关于加强突发公共事件卫生应急体系和能力建设的有关精神，我国开始建设以国家级应急指挥系统为中心，省级应急指挥系统为骨干，地市级应急指挥系统为节点的三级突发公共事件卫生应急指挥体系。
突发公共卫生应急指挥决策系统以突发公共事件卫生应急指挥中心为核心，建设一个纵贯省、市、县三级卫生应急指挥中心，横向连接辖区政府应急指挥中心、医疗卫生服务机构、公共卫生服务机构及卫生行政管理机构的卫生应急指挥与决策系统，通过项目建设实现对突发公共卫生事件的信息采集、动态监测和指挥调度，实现各部门信息传递与信息资源共享。实现对本级突发公共事件卫生应急有关资源信息的有效管理；实现突发公共卫生事件的动态监测，并提供专业预警信息；面对各级各类突发公共事件，能够快速采集数据，为领导提供决策依据和命令指挥工具，为卫生应急部门的业务人员和专家提供形势研判信息与分析手段，以及通讯和命令指挥等支持；通过网络与省级和国家级应急指挥系统连接，实现信息报送、指令传递与信息资源共享。
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